日本签证延期如何办理？
首先，在日华人中流传甚广的“三年延期”并非实际存在的签证政策，只是日本大使馆为简化手续的一个政策性文件而已[1]-[2]，其主要内容是对于在日本连续居住五年以上、持有长期居留许可(经营管理、定居、结婚等)且因突发事故不得不回国的在留外国人，可在回国后向使领馆申请延期签证以便于回国处理事后，而无需再次提交申请材料，经批准后即可获得3个月有效期(可多次入国)的旅行证或护照作为出境证件使用; 其次，根据日本法律，持长期居留许可者如要延长在留期限需向法务省提出申请； 第三，根据日本大使馆规定，申请者需在取得法务省的批准后再行向使领馆提出签证延期申请的审核。 因此，以日本大使馆出具的上述政策性文件为依据提出的所谓“三年延期”事实上是不存在的。至于大家关心的“在留卡过期该如何处理”的问题，我的理解是，如果您的在留资格属于永住者、日本人配偶者等中长期居留资格且在有效期内，则不必担心，只要在失效前入境即可继续使用;但如果您的在留资格属于短期商务、旅游等一次性签证或在留期限已到期，那么您需要按正常程序申请再入国许可及延期签证后方可再度入境。
关于题主补充提到的“三个月内离境”问题，由于这个问题与签证延期并无直接关联，故在此就不做赘述了：
1. 按照日本政府现行法令规定，即使是在日本拥有永久居住权(即所谓的“永住者”或“日本人配偶者”)的人士，每年也必须在所在区役所申报一次住所。 而所谓的“三月之内离境警告”是指当政府系统检测到持有永住权限者在一定时期内未进行住所登记时发出的提醒，其核心内容并不是“限制离境”而是敦促持有人尽快去进行登记以免遭处罚。
2. 日本出入境管理法第58条规定了对违反在留资格的刑事处罚标准，其中并未提及对永住者的处罚条例，也就是说所谓的“罚款20万日元或以下”“拘留1年内不超过6个月”并不适用于所有永住者和日本人配偶者。同时需要注意的是，这一处罚条例所针对的对象是具有违法情节的人，而不是像很多人所说的那样只要被检测出具有违法倾向就自动成为犯罪者并会收到处罚通知——换句话说就是，你根本就没有违法，所以自然也就更谈不上什么会被处罚了^_^。
对于题主提出的“是否该马上离开中国”的问题，我个人认为完全没有必要过于担忧，因为目前中国驻日本的使领馆并没有出台有关此问题的相关政策和文件，因此建议各位还是应该先做好自己的本职工作，不要轻信网上一些未经考证的言论。 最后祝大家都能顺利度过这段特殊时期！