持有日本5年签证需要90天内去吗？
是的，要过去确认一下在留资格生效与否的。 2014年5月之后新申请的签证都是要在三个月内去日本入国厅确认的，因为那时候开始都改为电子版的在留卡了。
关于这个，之前知乎上的大神做过非常详细的说明与分析——详见《如何说服日本人自己不是偷渡客？》（感谢知乎大佬大伟哥） 所以题主你完全不必担心，拿着护照和在留资格证书原件就可以。如果过了有效期的话会有电话通知，不用担心会过期。
另外再补充两句吧，以我个人的经验来说呢，在日本期间其实是不需要使用到护照的，但是日本人在给你盖章的时候还是会把你的个人信息页全部都给盖住的，包括那个中国海关的章…… 所以大家也不要以为自己的信息会被日本人随便暴露出去哟～
最后说下，如果你在日本有正式工作，并且公司也给你缴纳了社保公积金什么的，那么最好还是去确认一下吧！万一有什么意外情况发生，至少可以及时补救嘛~ 以上，希望对你有帮助^_^ ==========我是可爱的分隔符哟！========= 再补充一点：如果是留学和高级经营管理签证的话，是可以在日本的入管局申请自动延期一次的哦！只要按时交学费、不要违法乱纪就ok啦！